《仙剑奇侠传三》讲述的故事至今仍旧是人们讨论的话题，蜀山长老们为了解救天下苍生，结果却制造出来了更可拍的妖怪。而为了解决这个威胁苍生的妖怪，只有找到可以胜任此事的人来将其带到天界清除。于是景天和徐长卿等人因此集结，踏上了冒险之旅，他们主要的目的除了除掉邪剑仙之外，还有找到五灵珠封印锁妖塔。
首先他们开始寻找的是土灵珠，然后去了安宁村，到土灵珠所在的古藤林寻找土灵珠，在这个过程中他们遇到了对丈夫十分深情的万玉珠，后来又遇到了狐妖。后来紫萱出现了，紫萱带着对徐长卿忘不掉的深情而来，只想要替徐长卿解决一些困难，可是徐长卿却并不记得她了。
当然这个过程中最让人感动的是龙葵和景天前世龙阳的故事，千年前姜国的危机已经不可避免，龙阳战死在城门前，而龙葵也在悲伤之下祭了剑，成为了神剑的一缕孤魂。
然后几人去酆都“极乐世界”找火灵珠，经历火鬼王的纠缠，最后在景天的假装结婚下成功偷到了火灵珠。
当然在这个过程中最重要的事与徐长卿与紫萱有关，那就是徐长卿的记忆被解封了，徐长卿记起来他和紫萱前两世的种种，同时也明白了第二世的时候自己耿耿于怀的误会，同时也知道了紫萱为了他们的三世情缘付出了多少。
接下来因为雪见和景天闹矛盾的关系，他们便去了雷州，结果发现雷灵珠就在雷州当家的少主云霆身上，雪见也成功地取到了雷灵珠。可是因为邪剑仙越来越强大了，在吸收了龙葵的嫉妒之后，他将雪见弄走了。最后景天他们为了救即将枯萎的雪见，发现了雪见的身世秘密，同时景天也变成了飞蓬去见了夕瑶，了了夕瑶的一些遗憾。
不过在景天去救雪见的时候，徐长卿也去将邪剑仙放进天池清除掉了，可是却因为看到紫萱和重楼在一起而受了刺激，让邪剑仙彻底成形逃脱。邪剑仙现身，天下苍生都将面临巨大的危机。
因为邪剑仙的原因，灵珠聚集很是关键，而用来封印徐长卿和紫萱孩子青儿的水灵珠也就不得不拿出来了。可是在水灵珠拿走了后，青儿的生命也即将枯竭了，为了拯救青儿，人们又去寻找圣灵珠。
最后终于到了第五颗灵珠，那就是圣灵珠，圣灵珠拥有的故事是最凄美浪漫的，讲述的是一个长得丑陋但是歌声天籁的男子溪风与一个神女水碧的故事，神女被男子的歌声吸引下凡寻来，可是男子却因为长相不敢去见美丽的女神。最后出卖了自己的歌声和时间给重楼换来了正常的脸，和水碧短暂地相处了之后，就被重楼带走了，让水碧从此成为了望夫石，圣灵珠也被埋在海底。
这些旅程和目的地十分的简单，可是其中的快乐悲伤却让人难以忘记。